郭小建自2006年以来，一直在仲恺农业工程学院从事教学和科研工作。副教授职称，第六批校级“千百十”培养对象。

教学：为本科生讲授多门课程，有生物化学、微生物学、病毒学、植物病理学、分子指纹图谱、基因组学、动植物检疫学、专业英语等，并指导大学生毕业论文和实习。另外为研究生讲授高级生物化学课程。

科研:主持和参与了广东省教育厅、国家自然科学基金等多项科研项目；发表了十多篇科研论文，其中被SCI收录６篇；参编教材3部；获得国家发明专利１项；指导国家级大学生创新项目1项。